財政状況は、景気の回復による都税収入の増加と、石原都政下での緊縮財政で、2000年前後の最悪の水準から大幅に回復し、 一般会計が他の会計から借り入れる「隠れ借金」も2006年度で完済する目処が立ち、2005年度の一般会計では16年ぶりの黒字決算となった。 起債依存度は全国の自治体で最低の5.8％と財政の健全化が進んでいる。
一方で、特別会計や監理団体なども含めた東京都の連結での負債（[1]の23頁）は、2004年度末に16兆9508億円、都民一人当たりの負債額は約135万円と共に全国最多であり、特別会計や監理団体の財政は厳しい。 また、平成18年度の実質公債費比率は17.1%と、全国で8番目に悪い。総務省 平成18年度 実質公債費比率の算定結果（速報）PDF、同HTML